Para instalarlo, es tan sencillo como ir a Aplicaciones –> Añadir y quitar… y buscar por “Compiz”:

Después tenemos que ejecutarlo para que aparezca en el área de notificación, para ello vamos a Aplicaciones –> Herramientas del sistema –> Compiz Fusion Icon.

Ahora aparecerá en la barra de notificación, pudiendo dar a botón derecho de nuestro ratón para activar el gestor de ventanas que más nos convenga en cada momento (desde Select Window Manager) y cambiar la configuración de este (desde Settings Manager).

Para que se ejecute automáticamente cuando iniciemos sesión debemos seguir estos pasos:

Dependiendo de la versión de Ubuntu ejecutaremos:  Sistema –> Preferencias –> Aplicaciones al inicio o Sistema –> Preferencias –> Sesiones:

Y dando a Añadir nos aparecerá la siguiente pantalla, donde definiremos nuestra aplicación indicando:

Nombre: Compiz Fusion Icon
Orden: fusion-icon
Comentario: (opcional, para recordar la funcionalidad)

Con estos cambios, cuando volvamos a iniciar sesión, aparecerá automáticamente en el área de notificación el icono de Compiz Fusion Icon, y ya podremos habilitar y deshabilitar Compiz de forma rápida y sencilla, sin perder la configuración de efectos que tengamos habilitada.